01简介 OS,DSS,DFI,PFI分析 肿瘤突变负荷 微卫星不稳定性 肿瘤微环境 免疫细胞浸润 基因共表达 GSEA富集分析 研究内容 TCGA的33个癌症类型 工具 Perl—正则表达式强大 R—统计 Bioconductor...

牛掰花生 10-26 11 0

前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包,就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做GSEA和GSVA,就可以不用去下载gmt文件啦! 1.R...

牛掰花生 10-12 16 0

1. 数据集介绍   由于人类基因集富集分析,有msigdb数据库,上面有各种数据集的几何,因此做人的基因集富集分析还是很方便的,可以直接从上面下载数据集即可: msigdb数据库基因集   ...

牛掰花生 10-12 17 0

今天抽个空把单细胞领域的GO KEGG GSEA GSVA都做了一遍,跑完以后的感觉就是有这样的理解,就是单细胞我首先会选择做GSVA,但是我还会顺便做下kegg或者GSEA,因为我想看一下差异通路到底有哪...

牛掰花生 10-12 17 0

今天忙里偷闲,自创了一套基于小鼠基因list的富集分析方法,主要原理是将之前用于人的基因富集分析方法搬运到小鼠上,大家可以各抒己见,在下方留言。 那么,开始展示 故事要从一个R包开始说...

牛掰花生 10-12 13 0
鱼翔浅底,鹰击长空,驼走大漠
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