本文是参考学习单细胞转录组基础分析二:数据质控与标准化的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。 本节及之后的三、四节主要介绍单细胞表达矩阵到细胞类型鉴定的分析步骤,流程图如下: ...

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GEO2R作为GEO在线工具,可以用于表达基因的差异分析。前面介绍过GEO数据包括五种,Platforms、Samples、Series、Datasets和Profiles。GEO2R主要针对Series数据进行分析,但并不是所有的该数...

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写在前面的话 NVivo 是一款功能强大的质性分析 (Qualitative Analysis)软件,能够有效分析多种不同类型数据,诸如文字,图片,录音,录像等数据,是实现质性研究的最佳工具。使用NVivo ,...

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今天是愚人节,小编提醒大家可千万不要相信别人的话。除非导师跟你说不要错过生信人今天的分享😁! 去年给大家介绍了一个数据库ncRI,收集了大量炎症中的非编码RNA。数据库的简介和使用这里就不...

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EPIC https://gfellerlab.shinyapps.io/EPIC_1-1/ EPIC可根据表达数据分析出8种免疫细胞的浸润比例,分别是:B细胞、 肿瘤相关成纤维细胞(CAFs)、CD4+T细胞、 CD8+T细胞、 内皮细胞、 巨噬...

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鉴定好细胞类型后,我们还可以对其进行一些功能性分析,如拟时序分析和SCENIC分析,对细胞的生物学意义进行一定程度上的挖掘。本期小编主要为大家介绍拟时序分析(Pseudotime Analysis)。 1...

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什么是拟时序分析?拟时序(pseudotime)分析,又称细胞轨迹(cell trajectory)分析,通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程。我们可以理解为在一堆细胞中包含...

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        GO,KEGG,GSEA等久负盛名的功能富集分析方法对于解析各种基因的调控功能和互作网络起到非常重要的作用。但这些方法的一个很大的局限性就是只能针对蛋白质编码进行进行分析。因此,...

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欢迎大家关注我的公众号:一只勤奋的科研喵 亚组分析森林图 本期介绍使用R语言制作亚组分析三线表及其森林图。 注:由于未能找到专门做亚组分析的包或相关代码,本期代码是小编根...

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1. 全转录组测序 全转录组广义上是指细胞在特定状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。借助高通量测序技术,可以全面获取样本中转录产物信息,结合竞争性内源RNA ( ceRNA...

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鱼翔浅底,鹰击长空,驼走大漠
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